Als Apotheke wird heute ein Ort bezeichnet, an dem Arzneimittel und Medizinprodukte abgegeben, geprüft und – zum kleinen Teil – hergestellt werden. Zudem ist es eine Hauptaufgabe des Apothekers und des übrigen Apothekenpersonals, den Kunden zu beraten, ihn über Nebenwirkungen aufzuklären und mögliche Wechselwirkungen mit anderen Medikamenten aufzudecken. Zusätzlich zu der Abgabe von Arzneimitteln verkaufen Apotheken auch „apothekenübliche Artikel“ wie Nahrungsergänzungsmittel, kosmetische Erzeugnisse und weitere Waren mit gesundheitsförderndem Bezug.
Heute ist die Apotheke sowohl als Institution und Unternehmen mehr denn je zahlreichen gesetzlichen Regelungen wie dem Arzneimittelgesetz, der Apothekenbetriebsordnung und dem Sozialgesetzbuch (Deutschland) unterworfen. Dies zwängt sie in ein enges Korsett, das wenig Flexibilität für moderne Unternehmensführung in Sachen Preis-, Kommunikations- und Produktpolitik lässt. Hauptaugenmerk der Apotheken sollte nach dem Selbstverständnis der Apotheker die unabhängige Beratung der Patienten respektive Kunden sein. Oftmals geraten aber der durch andauernde Gesetzesänderungen politisch induzierte Zwang nach Umsatzsteigerung und der Wunsch, das Beste für den Kunden zu tun, miteinander in Konflikt. Die Aufforderung zu freiem Wettbewerb der Apotheken untereinander mit einer legitimen Verbilligung von Arzneimittel sehen viele Apotheker einerseits mit der Gefahr der schlechteren Beratung und eines schädlichen Mehrverbrauchs an Arzneimitteln für die Patienten, andererseits mit existenzgefährdenden wirtschaftlichen Risiken verbunden.
International bekanntes Zeichen ℞ für „Rezept“ bzw. verschreibungspflichtige Arzneimittel
Um Interessenkonflikten zu begegnen, wurde die vormals relative Preisbildung für verschreibungspflichtige Arzneimittel zum 1. Januar 2004 auf einen Aufschlag von 3 Prozent, zuzüglich eines Festzuschlags je Packung umgestellt. Andererseits ließ der Gesetzgeber mit dem Ziel einer Wettbewerbintensivierung das Versandverbot und die Preisbindung für nicht verschreibungspflichtige, apothekenpflichtige Arzneimittel (sogenannte OTC-Arzneimittel) fallen und lockerte das sogenannte Mehrbesitzverbot. Seitdem ist es Apothekern erlaubt, bis zu drei Filialapotheken zu besitzen und bei entsprechenden Voraussetzungen Arzneimittel auch zu versenden. Darüber hinaus entstanden zahlreiche Versand- und Internetapotheken in Deutschland sowie im nahen Ausland, beispielsweise in den Niederlanden, in der Schweiz oder in Tschechien.
Zum Schutze der Gesundheit der Bevölkerung darf nur ein approbierter Apotheker eine Apotheke besitzen (Fremdbesitzverbot). Kapitalgesellschaften dürfen hingegen keine Apotheken betreiben. In den letzten Jahren wurde oft vermutet, dass das deutsche Fremd- und Mehrbesitzverbot europarechtlich unzulässig sei. Am 19. Mai 2009 stellte der Europäische Gerichtshof jedoch fest, dass die mit dem Fremdbesitzverbot einhergehenden Beschränkungen der Niederlassungsfreiheit nicht unverhältnismäßig seien und mit Europäischem Recht in Einklang stünden. Damit bleibt der Fremdbesitz in Deutschland weiterhin verboten. Die Richter folgten der Argumentation, dass die Länder entsprechende Regelungen erlassen dürften, wenn sie dies zum Schutze der Gesundheit für erforderlich halten.
Arzneimittel, die einer Beratung bedürfen und daher nur in Apotheken verkauft werden dürfen, unterliegen der Apothekenpflicht. Dadurch soll die Arzneimittelsicherheit gewährt werden. Ein Rezept ist dafür nicht erforderlich, solange das Medikament nicht verschreibungspflichtig ist.
Die einfache Apothekenpflicht regelt sich nach § 43 Arzneimittelgesetz. Apothekenpflichtige Arzneimittel sind vereinfacht ausgedrückt Arzneimittel, die nur durch pharmazeutisches Personal abgegeben werden dürfen. Es besteht seitens des pharmazeutischen Personals Beratungspflicht (es sei denn, der Kunde lehnt eine Beratung ausdrücklich ab). Entsprechende offene Fragen sollten daher bei der Abgabe gestellt werden, um den Beratungsbedarf abzuklären. Internet-Versandapotheken sind dazu verpflichtet, diese Beratung in anderer angemessener Form z. B. per E-Mail oder Telefon durchzuführen. Auch diese Form der Beratung darf ausschließlich durch pharmazeutisches Personal durchgeführt werden. Nachteil der Beratung bei der Versandapotheke ist, dass eine Beratung in der Regel erst nach ausdrücklicher Anfrage des Kunden einsetzt. Oft erkennt ein Kunde jedoch zunächst gar nicht, dass ein Beratungsbedarf besteht, etwa wenn er ein Mittel verlangt, das gar nicht zu seinen Beschwerden passt. Aus demselben Grunde besteht für apothekenpflichtige Arzneimittel ein Selbstbedienungsverbot.